La couleur de la robe est un sujet qui fascine les propriétaires et éleveurs de chevaux depuis leur domestication il y a 6000 ans. Les acheteurs peuvent être plus attirés par un cheval présentant une couleur originale. L’identification des gènes codant les couleurs est donc importante pour fixer la valeur économique d’un animal. Les éleveurs veulent également savoir si un cheval présentant une couleur particulière transmettra ce caractère à sa progéniture. Parfois, ceci peut être déterminé en identifiant avec précision la couleur et en comprenant son mode de transmission. D’autres fois, cela n’est déterminé qu’en ayant recours aux nouveaux tests moléculaires spécifiques de ces gènes. 

L’alezan, Extension du roux (E):  Les premiers généticiens ont défini la couleur rousse ou noire des poils de la robe comme dépendant du locus « E ». L’extension du roux, couleur alezan, est récessif par rapport à la présence de zones noires. Les chevaux avec un crin noir portent l’allèle dominant EE à l’état homozygote ou hétérozygote (EE/EE, EE/Ee). Les chevaux avec une robe alezan (Ee/Ee) héritent du gène roux de chacun des parents. Dans les années 1990, des scientifiques suédois ont démontré que les différences génétiques du gène MC1R sont responsables de cette couleur de robe de base chez le Cheval. Un test d’ADN moléculaire est disponible pour déterminer si les chevaux bais sont porteurs du gène roux. 

Extension du noir (A): Quand le pigment noir est présent, un gène appelé agouti (locus « A ») détermine si le pigment est exprimé sur l’ensemble de la robe ou seulement à certains endroits (jambes, queue, crinière). Le gène pour l’expression à certains endroits (chevaux bai) est dominant et les chevaux noirs sont homozygotes (Aa/Aa). Des scientifiques français ont utilisé la carte génétique pour déterminer les bases génétiques du gène agouti. Un test d’ADN moléculaire est disponible pour déterminer si les chevaux bai sont porteurs du gène noir et confirmer l’homozygotie des chevaux noirs.

Tobiano (TO):  Le gène tobiano est responsable des tâches blanches qui se trouvent sur le corps du cheval qui, presque toujours, traversent la ligne du dos. Ce patron pie est répandu et se rencontre chez beaucoup de chevaux inscrits dans le stud-book des Paint Horses. Le gène Tobiano est dominant. Une copie du gène est suffisante pour créer ce patron. Normalement, il n’y a pas de différence selon que le cheval possède une ou deux copies du gène. Puisque les éleveurs désirent obtenir des produits présentant ces robes pies, ils souhaitent identifier des chevaux avec deux copies du gène ces derniers étant de vrais reproducteurs de cette coloration, tous leurs descendants sont pie tobiano. Des scientifiques de Californie ont remarqué que les chevaux tobiano portent presque toujours les allèles B au locus Albumine et S au locus Gc. Ils ont proposé d’utiliser ce test pour identifier les chevaux homozygotes (deux copies) pour tobiano. Récemment, les scientifiques du Kentucky ont probablement identifié les bases génétiques pour les motifs tobiano et un test moléculaire a été développé pour remplacer le test d’homozygotie BS.

Sabino1(SB1):  Sabino est un patron à taches blanches qui apparaît sur le bas des jambes et le ventre et qui produit une marque blanche sur la tête. Ce motif est répandu dans plusieurs races et est recherché par différents éleveurs. Un scientifique de l’Université de Kentucky a étudié l’ADN des chevaux Tennessee Walking et a identifié une base génétique pour le sabino. Elle a appelé ce gène Sabino1. Ce gène est dominant mais deux copies du gène produisent un cheval presque entièrement blanc ! Ce gène se trouve chez plusieurs races de chevaux. Mais il existe des motifs sabino qui ne sont pas le résultat de ce gène. Par exemple, il existe les chevaux Clydesdale au patron type sabino qui ne portent pas le gène sabino. Ceci n’est pas surprenant car le Clydesdale blanc est peu répandu. Il y a probablement plusieurs gènes différents qui sont responsables du motif sabino. Un test d’ADN moléculaire est disponible pour sabino1.

Overo (O):  Comme tobiano, overo est responsable de taches blanches sur le Cheval. Il est répandu chez les chevaux du stud-book Paint Horse. Contrairement à tobiano, des motifs overo ne traversent presque jamais la ligne du dos et ils donnent souvent l’impression de remonter à partir du ventre. Les motifs overo blanc sont provoqués par un gène dominant. Cependant, des chevaux avec deux copies du gène naissent complètement blanc mais avec des malformations congénitales multiples qui provoquent la mort peu de temps après la naissance (voir OLWFS ci-dessous). Le gène pour ce motif a été découvert la même année par des scientifiques du Minnesota, de Californie et d’Australie. Les trois scientifiques ont trouvé des similitudes entre l’action du gène overo chez le Cheval et le gène responsable pour la maladie de Hirschsprung chez les humains. La mutation se trouve à un endroit différent dans le gène mais les effets sont similaires : des taches blanches et des malformations congénitales. Les chevaux avec une copie du gène sont normaux et recherchés par des éleveurs à cause de leur robe attractive. Un test moléculaire a été développé pour identifier ce gène.

Blanc dominant (W):  Ce gène s’exprime à la naissance. Les chevaux naissent blancs avec la peau rose. Quelquefois la couleur blanche n’est pas totale et les chevaux ont aussi des taches colorées, surtout autour des oreilles. Des scientifiques suisses ont déterminé la localisation du gène pour le blanc dominant et sont en train d’étudier ses bases moléculaires chez les chevaux Franche Montagne.

Gris(G):  Quand le gène gris est présent, les chevaux naissent avec un poil coloré de la robe de base, mais ils blanchissent avec l’âge. Le processus peut prendre jusqu’à dix ans mais le cheval finit par paraître complètement blanc. Le gène est dominant. Seulement une copie est nécessaire et il n’y a aucune différence connue entre des chevaux avec une ou deux copies du gène. Des scientifiques de Californie, du Royaume Unis et de la Suisse ont localisé le gène sur le chromosome 25 du Cheval. Récemment, des scientifiques suédois ont identifié la base génétique pour la robe grise du Cheval. Un test moléculaire devrait bientôt être disponible.

Dilution crème (CR):  Ce gène provoque des pertes de pigments dans des cellules qui expriment le pigment roux. Un cheval alezan porteur de ce gène de dilution devient palomino et un cheval bai devient isabelle. Le gène est codominant et seulement une copie est nécessaire pour son effet. Deux copies provoquent une plus grande dilution et les chevaux sont crème aux yeux bleus. Des scientifiques en Californie ont cartographié le gène et des scientifiques français l’ont identifié et ont développé un test moléculaire.

Dilution silver (Z):  Le gène de dilution silver agit seulement sur un crin pigmenté noir. Le cheval avec ce gène montre une dilution de gris pour tous les crins noir. Les scientifiques suédois ont découvert la base génétique pour ce caractère et ont mis au point un test moléculaire.

Appaloosa(LP):  Les indiens Lakota (Nez percé) ont élevé des chevaux avec des motifs blancs distincts dans le territoire nord-ouest américain au 19ième siècle. Les motifs incluent entre autre des hanches blanches avec des tâches foncées, un corps blanc avec des taches foncées, une robe partiellement ou totalement rouan (des crins blancs mélangés à des crins de couleur). De plus, les chevaux appaloosa possèdent des caractéristiques définies comme des sabots rayés, des museaux tachetés et des zones blanches autour de l’oeil. Des observations suggèrent qu’un gène simple détermine si le cheval a des caractéristiques appaloosa, tandis que d’autres facteurs, peut-être des gènes, déterminent le motif précis de la couleur. Des scientifiques de Floride et du Kentucky ont déterminé que le gène Appaloosa se trouve sur le chromosome 1 du Cheval et ils poursuivent la recherche du gène responsable.