Le Programme International de Génomique Equine

Le Programme International de

Génomique Equine

Les chevaux

La séquence du génome équin a été établie à partir d'un échantillon de sang prélevé sur une unique jument pur-sang, nommée Twilight. Twilight fut choisie car c'est elle qui, dans un groupe de 10 chevaux testés pour leur polymorphisme génétique, présentait la variabilité la plus faible. Ceci n'a rien d'étonnant car les millions de chevaux pur-sang actuels descendent d'un nombre relativement restreint d'ancêtres communs. De plus, depuis 300 ans, ils ont été activement sélectionnés sur leurs performances en course. En vue du séquençage complet du génome, une variabilité génétique réduite était nécessaire afin de simplifier le processus de définition de celui-ci.

En revanche, maintenant que nous sommes en possession de la séquence complète du génome, la variabilité a un grand intérêt. Quelle est la différence entre Twilight et les autres chevaux pur-sang ? Et encore plus intéressantes sont les différences existant entre Twilight et les chevaux des autres races. C'est pourquoi, un échantillon des races suivantes fut choisi pour cette étude : Arabe, Quarter Horse, Trotteur américain (ambleur), Cheval de randonnée du Tennessee, Akal-Teke, Cheval d'Hokkaïdo, Cheval mongol, Selle français, Trotteur français, Andalou, Selle américain, Trait du Suffolk, Shire, Poney norvégien Fjord, Trait belge, Frison, Trakehner, Poney Exmoor et Paso Fino.

Pourquoi tant de races ? Nous désirions mesurer la diversité génétique rencontrée chez le Cheval, diversité consécutive à sa domestication il y a 6 000 ans. Ces chevaux proviennent de toutes les parties du Monde, ils sont séparés les uns des autres par des siècles de sélection. Les différentes races ont été sélectionnées pour des caractères héréditaires différents tels le comportement, la taille, la force et la rapidité. Que ces différences entre races nous apprendront-elles sur nos chevaux ? Finalement, les similitudes entre races seront-elles suffisantes pour qu'une donnée obtenue sur l'une d'elle puisse être transposée à une autre ? Ce sont quelques-unes unes des questions que nous explorerons.

	Twilight est une jument pur-sang née et élevée dans le haras Mac Connville de l'université Cornell. Elle a fourni l'ADN à partir duquel le séquençage complet du génome équin a été établi et assemblé à l'institut Broad de Cambridge (MA). Le Pur-Sang est une race ayant ses origines en Angleterre, à la fin du 17 ème siècle. Elle possède le plus vieux stud- book dans lequel sont inscrites les performances, ce qui permet aux éleveurs de sélectionner des chevaux sains et rapides. Les courses de pur-sang sont populaires et répandues dans le Monde entier, ceci depuis les trois derniers siècles. Tous les pur-sang actuels ont, dans leur génome, 81% de gènes provenant de seulement 31 ancêtres communs.
	Bravo est un mâle pur-sang, proche parent de Twilight. Il vit dans le haras Mac Connville de l'université Cornell, avec Twilight. Son ADN extrait de ses cellules sanguines fut sectionné en grands fragments et cloné dans ce que l'on appelle des chromosomes bactériens artificiels (BAC). La collection de ces clones est appelée « banque de BAC ». Les chercheurs emploient ces banques de BAC pour trouver et étudier les séquences d'ADN. En croisant les informations provenant de l'ADN de Bravo et de la séquence génomique complète de Twilight, une meilleure compréhension des interactions entre génétique, santé et performances des chevaux est attendue.
	Hrafnhetta est une jument islandaise vivant actuellement à Prospect (Kentucky). Elle a été choisie afin de séquencer au hasard son ADN et de le comparer à la séquence de Twilight. Les chevaux Islandais proviennent d'Islande. Ils sont réputés pour leur allure amblée rapide et remarquablement confortable. Cette population fut construite à partir de chevaux apportés par les Norvégiens au 9 ème siècle et maintenue isolée depuis cette date.
	Desert Heir (plus connu sous le nom de Bisquette) est un mâle Selle américain. Il est très important pour le Programme international de Génomique équine. Ses cellules sanguines poussent très facilement en culture et ainsi se prêtent-elles aisément à l'étude de leurs chromosomes par les cytogénéticiens. Afin de déterminer l'ordre des gènes sur les chromosomes, les résultats de l'assemblage informatisé des séquences d'ADN de Twilight est contrôlé par la localisation de BACs de quelques gènes sur les chromosomes de Bisquette. La concordance des deux approches prouve que l'assemblage de la séquence génomique équine est correct. Le Selle américain s'est développé dans les états du sud des USA, à la fin du 19 ème siècle. Il est renommé pour ses allures douces, son caractère facile et son intelligence. Plusieurs chevaux vedettes de la télévision des années 60 furent des Selle américain, tels Mr. Ed et Fury !
	Sirena est une jument Lusitanien qui vit actuellement à Harrodsburg (Kentucky). Son ADN séquencé fut comparé à celui de Twilight. Les Lusitanien sont originaires de la péninsule ibérique, du Portugal. Ils sont proches d'une race sœur, les chevaux andalou d'Espagne. Cette race peut être la descendante d'anciennes populations poussées du nord de l'Europe vers la péninsule ibérique durant la dernière période glacière. Plus tardivement, elle a été influencée par les chevaux Barbes et Arabes introduits en Espagne au 8 ème siècle.