Recherche de QTL pour des caractères de production et de reproduction dans les populations porcines collectives Large White type femelle et Landrace francais à l’aide d’un dispositif grand parental (1996 - 2007)
Thierry TRIBOUT
jeudi 19 octobre 2006.
Objectifs :
Rechercher dans les populations porcines collectives Large White type femelle et Landrace Français des QTL pour des caractères de production et de reproduction.
Les caractères ayant été considérés au 02/10/2006 sont :
épaisseur de lard dorsal moyenne et poids vif en fin de période de contrôle en ferme ;
âge en fin de période de contrôle en ferme ajusté à 100 kg de poids vif ;
nombre total de porcelets nés par portée ;
nombre de porcelets nés vivants par portée ;
nombre de porcelets morts nés par portée.
Moyens mis en œuvre : La recherche de QTL s’appuie sur 8 familles grand-parentales de grande taille (5 familles Large White et 3 familles Landrace Français) identifiées dans la base de données nationale porcine. L’ADN des fondateurs des familles et de leurs fils ou filles provient de la Banque d’ADN Porcine (BAP) de LABOGENA ou a été prélevé en ferme lorsque les animaux étaient encore vivants. Les performances des animaux utilisées pour l’étude ont été extraites de la base de données nationale porcine (51600 individus avec performances pour les caractères de production et 52500 portées pour les caractères de reproduction) . Le nombre moyen de fils/filles génotypés pour chacun des 8 mâles fondateurs était de 30 pour les caractères de production, et de 24 pour les caractères de reproduction. En moyenne, chaque individu parent disposait de 215 produits contrôlés pour les caractères de production et de 70 filles ayant en moyenne 3,9 portées connues pour les caractères de reproduction. La recherche de QTL a été effectuée sur les 18 paires d’autosomes. Les animaux ont été génotypés pour un jeu de 144 marqueurs microsatellites.
Principaux résultats à la date de mise à jour :
Dix QTL significatifs à un seuil de 5% à l’échelle du chromosome ont été détectés pour :
l’épaisseur de lard dorsal moyenne en fin de période de contrôle en ferme : SSC 2, 3 et 17 ;
le poids vif en fin de période de contrôle en ferme : SSC 4 ;
le nombre de porcelets morts nés par portée : SSC 6, 11 et 14 ;
le nombre de porcelets nés vivants par portée : SSC 7, 16 et 18.
Les effets de substitution moyens estimés sont élevés (compris entre 0,3 et 1,3 écart type phénotypique), mais aucun de ces QTL n’est significatif à l’échelle du génome.
Date de mise en œuvre et durée prévue : La recherche des familles de grande taille dans la base de données nationale porcine a débuté en 1996 et s’est achevée en 2001. Le génotypage des individus s’est achevé fin 2004. Les premiers résultats (QTL) ont été obtenus fin 2005. Des analyses complémentaires sont prévues fin 2006 / 2007 (utilisation de performances d’individus supplémentaires, recherche de QTL pour de nouveaux caractères, analyses multicaractères).
Unité(s) de Recherche partenaire(s) : INRA, Station de Génétique Quantitative et Appliquée, 78352 Jouy-en-Josas Cedex, France INRA, Laboratoire de Génétique Cellulaire, 31326 Castanet-Tolosan Cedex, France UMR INRA/AgroCampus Rennes, Génétique Animale, 35042 Rennes Cedex
Partenaire(s) extérieur(s) : IFIP, Pôle Génétique et Qualité, BP 3, 35650 Le Rheu, France ; Organisations de Sélection Porcine collectives adhérant aux Livres Généalogiques Porcins Collectifs.
Financement : Ministère de l’Agriculture et de la pêche ("actions innovantes") ; Génopole Toulouse Midi Pyrénées ;
Publications :
Tribout T., Iannuccelli N., Druet T., Gilbert H., Riquet J., Gueblez R., Mercat M.J., Bidanel J.P., Milan D., Le Roy P., 2007. « Recherche de QTL pour des caractères de production et de reproduction dans les populations porcines collectives Large White type femelle et Landrace Français à l’aide d’un dispositif grand parental ». Journées de la recherche porcine en France, 2007, 39, (à paraître).
Tribout T., Iannuccelli N., Druet T., Gilbert H., Riquet J., Gueblez R., Mercat M.J., Bidanel J.P., Milan D., Le Roy P., 2006. « Detection of Quantitative Trait Loci for reproduction and production traits in Large White and French Landrace pig populations ». In : 8th World Congress on Genetics Applied to Livestock Production, Belo Horizonte, August 13-18, 2006.