Cartographie fine de QTL dans une lignée de porcs développant spontanément des mélanomes
mardi 3 octobre 2006.
Responsable(s) Scientifique(s) :
Claudine GEFFROTTIN - Emmanuelle BOURNEUF (INRA/CEA- LREG)
Hélène GILBERT (INRA-SGQA)
Objectifs :
Le mélanome porcin constitue un modèle pour certaines formes de mélanome humain. Suite à la primo-localisation de locus de susceptibilité au mélanome entre 1997 et 2005, des projets sont développés pour cartographier finement et valider des gènes candidats dans certaines régions. En particulier, la SGQA conduit une série de croisements en retour à partir des animaux issus du programme de primo-détection afin d’affiner à quelques gènes candidats la localisation des QTL dans une région chromosomique majeure.
Moyens mis en œuvre :
La base de l’expérimentation était la constitution à l’INRA d’un troupeau croisé entre une lignée mélanique appelée MeLiM importée de Libéchov (République Tchèque) et la race Duroc. Une population de type back-cross a été constituée à partir de 4 MeLiM affectés et 5 Duroc sains, permettant d’obtenir 9 familles de F1 malades qui ont été croisés avec 26 Duroc sain pour produire 331 backcross BC1. Ces animaux, produits et élevés sur l’élevage INRA de Rouillé (unité expérimentale GEPA, Poitou-Charentes), ont été génotypés pour 153 marqueurs microsatellites ont été génotypés, et le nombre et degré de développement de lésions mélaniques a été enregistré pour tous les animaux selon un protocole développé au Laboratoire de Radiobiologie et Etude du Génome. Le logiciel QTLMAP a permis de cartographier des locus impliqués dans le développement spontané du Mélanome. Pour affiner certaines des régions, de nouveaux animaux sont produits en croisant des backcross du programme initial affectés par la maladie et donc supposés hétérozygotes pour les régions d’intérêt, avec des Duroc sains.
En parallèle de nouveaux marqueurs génétiques sont mis au point au LREG pour densifier les régions cible et suivre les recombinaisons.
Principaux résultats à la date de mise à jour :
La nouvelle génération de back cross BC2 malades sera en cours de reproduction à l’automne 2006.
Date de mise en œuvre et durée prévue :
Les premiers croisements ont été effectués en 2006. Le programme est planifié sur 3 à 5 ans en fonction des recombinaisons qui se produiront.
Unité(s) de Recherche partenaire(s) :
Station de Génétique Quantitative et Appliquée (Jouy-en-Josas).
Laboratoire de Radiobiologie et d’étude du génome (INRA/CEA, Jouy-en-Josas).
Elevage expérimental porcin de Rouillé (GEPA, Poitou-Charentes)
Partenaire(s) extérieur(s) :
Institute of Animal Physiology and Genetics, 27721 Libechov, Czech Republic
Financement :
Projet Ligue contre le Cancer (2006-2009, 28 k€/an)
Publications :
DU Z.-Q., VINCENT-NAULLEAU S., GILBERT H. , VIGNOLES F., CRÉCHET F., SHIMOGIRI T., YASUE H., LEPLAT J.-J., BOUET S., GRUAND J., HORAK V., MILAN D., LE ROY P., GEFFROTIN C., Detection of Novel Quantitative Trait Loci for Cutaneous Melanoma by Genome-wide Scan in the MeLiM Swine Model, Int. J. Cancer, 2006.